El colegio fue fundado el 3 de mayo de 1993.
Comenzó como una iniciativa de un grupo de familias que, preocupadas por la educación cristiana y valórica de sus hijos, se lanzaron a esta empresa. Nació en una pequeña casa, donde cuatro niños fundaban el primer año básico. Ese mismo año comenzó la educación preescolar.
Desde la creación del proyecto “Colegio La Cruz”, contamos con el apoyo del Movimiento Regnum Christi, a través de la miss Maleny Medina, Consagrada.
En el año 1998 llegaron, a petición de la Corporación Privada La Cruz, los Legionarios de Cristo, para asesorar en la formación de los alumnos a este grupo de papás. Poco a poco, nuestra pedagogía legionaria ha ido marcando el estilo educativo de la institución, logrando así la formación integral de sus alumnos, e incorporando el colegio a la gran familia de los centros educativos de la red Regnum Christi.
La primera directora fue Isabel Rivera (1993-1996), seguida de Macarena Tagle, quien ejerció el cargo desde 1997 hasta 2008. Luego, durante un año, asumió don José Ignacio Latorre, quien venía de los colegios Mano Amiga.
Desde el año 2009 hasta abril de 2019, lideró a nuestro colegio, Vivianna Buscaglione Sheel.
Durante mayo de 2019 a mayo de 2021 nuestro rector Héctor Quiroz Espinoza.
Actualmente la Dirección del Colegio está a cargo de Alejandra Mutinelli Sepúlveda.